06 fevereiro 2019

Tutorial em R para plotar mapa de distribuição de uma espécie de Leguminosae está disponível no GitHub

Disponível tutorial para gerar mapa publicado em artigo publicado por membros do LABOTAM/INPA no periódico Phytotaxa em 2018



Nesta postagem, apresento um tutorial em linguagem R para gerar o mapa publicado no artigo "A new species of Macrolobium (Fabaceae, Detarioideae) endemic on a Tepui of the Guyana Shield in Brazil" (Farroñay et al. 2018). Este trabalho foi publicado em 2018 por membros do Laboratório de Ecologia e Evolução de Plantas Amazônicas, grupo de pesquisa filiado ao Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia (INPA), Manaus, Amazonas, Brasil. Tanto o tutorial quanto todos os arquivos necessários para gerar o mapa, como dados de espécimes botânicos e shapefiles, estão hospedados em um repositório de minha conta no GitHub. Clique AQUI para acessar o tutorial.
O tutorial é apresentado no formato de um Jupyter Notebook, que é uma ferramenta super legal para aprendizado, especialmente na Ciência. Vale a pena checar o link anterior e os disponíveis ao fim desta postagem para que vocês aprendam um pouco mais sobre esta ferramenta. Caso haja alguma dificuldade em fazer uso dela em seu computador, também forneço na mesma pasta um script simples em R para que vocês possam executar os mesmos passos apresentados no Jupyter Notebook. De maneira geral, para poder fazer uso de um Jupyter Notebook em seu computador, é necessário ter uma distribuição Python instalada no computador (veja aqui o passo a passo para instalar e rodar o Jupyter Notebook localmente).
Para gerar o mapa, fiz uso de alguns pacotes de R que gostaria de destacar abaixo:

  • ggmap, que permite utilizar mapas em formato raster oriundos de serviços de mapeamento online populares, como o Google Maps e Stamen Maps;
  • alguns da coleção de pacotes tidyverse (ggplot2, dplyr, stringr, readr, purrr, magrittr, e broom);
  • cowplot, utilizado para mesclar diferentes plots oriundos do ggmap/ggplot2;
  • ggsn, utilizado para plotar a seta de Norte e a escala.

Espero que aproveitem e façam bom uso, enquanto ferramenta de ensino e aprendizado. Se tiverem dúvidas, encontrarem algum erro, quiserem elogiar, favor deixar uma mensagem aqui, ou então no GitHub.

Em breve, postarei mais novidades.  Até mais!


Saiba mais

2 comentários: